女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。

收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......

大地慈爱的神兽之王--女娲为了让人类的生活更美好，创造了各种能变化成神兵（拥有神奇力量的兵器）的神兵兽（动物）。借着各种神兵兽的不同能力，使人类的日子过得更美好。可是，千百年来与女娲势不两立的天地盟主，一心想统治所有人类，他囚禁了女娲的传人元首，打败了四大城堡中西门、北冥、东方三大城堡的城主，更令所有神兵兽变成凶恶的魔兵器，来压迫统治人类…… 不久，四大城堡中仅存的南宫城城主南宫逸也被天地盟主打败。于是，幸免遇难的南宫逸12岁的儿子南宫问天，便带上7岁的妹妹南宫问雅，踏上了拯救父亲和南宫城百姓的战斗之路。一路上，问天和妹妹遇上了西门城少城主西门孝、北冥庄大小姐北冥雪、东方海阁城的公主东方铁心以及不同的神兵兽。 小伙伴们历经艰辛、团结友爱、大智大勇，最终在同行的神兵兽的帮助下，打败了天地盟主，解救了自己的父辈和庄园上的百姓，从而使人类重新过上了美好幸福的生活。

大慈爱的女神女娲，创造了各种神兽，借着它们不同能力帮助世人，令世界变得更美好，人、兽和睦相处。可是，大坏蛋元始天魔一心想统治所有人类，便派出手下天地盟主，将所有神兽变成凶恶的魔兽，为祸世人。幸好南宫城的城主之子问天得到一头天晶兽，并化成神兵——天晶！天晶神兵拥有神奇力量，能将魔兽击倒；而他妹妹问雅则能把魔兽净化驯服，变回善良本性的神兽。

大地慈爱的神兽之王——女娲为了让人类的生活更美好，创造了各种能变化成神兵(拥有神奇力量的器)的神兵兽。借着各种神兵的不同能力，使获得帮助的世人日子过得更愉快，比如神农尺能帮人类治百病，十方明亮帮人类指示方向，神舞能为人类带来欢乐乐章等，人类与神兽是互相依赖，和平共处的。可是，千百年来与女娲势不两立的原始天魔，一心想统治所有人类，遂派出麾下大坏蛋天地盟主，将一只神兽魔化，成为邪恶神兵虎魄，并囚禁了玉龙国女元首，攻下了玉龙国。